제정안은 또 2019년부터 개시되는 배출권 유상할당의 입찰·낙찰 절차, 방식 등을 규정했다.

배출권 유상할당은 경매방식으로 한국거래소를 통해 월 1회 정기적으로 진행되며, 연간 경매 일정은 사전에 공개될 예정이다. 

유상할당 경매입찰은 환경부 장관이 매회 입찰 당시 시장가격 등을 고려해 정한 낙찰 하한가 이상으로 입찰한 자를 대상으로 하며, 높은 가격으로 입찰한 자부터 순차적으로 낙찰된다. 시장 안정화 조치를 위한 정부 보유 예비분의 공급도 유상할당 경매 절차를 준용해 진행하도록 했다.